El Magíster en Matemática es un programa de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas que depende académicamente del Departamento de Matemática. Es un programa destinado a formar graduados que realizan, de manera autónoma, estudios profundos en áreas fundamentales de la Matemática. La última acreditación del Programa fue otorgada por seis años, por la agencia Qualitas, y actualmente está en proceso de re-acreditación por el Consejo Nacional de Acreditación (CNA). El cuerpo de profesores del programa cuenta con 11 académicos activos en investigación. El programa de Magíster en Matemática se distingue de sus pares por las siguientes características: - La linea de investigación Lógica y Teoría de Números, de este programa no se ve desarrollada a nivel nacional, especialmente, en la zona sur del país. - A nivel país e internacionalmente, hay pocos programas donde un graduando formado en un área teórica de la matemática cuenta con una publicación en una revista de especialización al momento de egresar del programa. Además, el programa se destaca por el alto nivel que reciben los graduandos, la cual les ha permitido acceder a programas de doctorado de reconocido prestigio internacional y nacional, adjudicándose becas de estudios de doctorado y que les ha incentivado, en varios casos, a publicar resultados originales en revistas de corriente principal.