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Bioinformática (CON PRÁCTICAS)

Bioinformática (CON PRÁCTICAS)

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Curso online

Descuento Lectiva
980 € 315

Duración : 4 Meses

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Objetivos

Construir anotaciones elementales para lectura de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos. Relacionar operaciones con diferentes bases de datos, identificando su interoperatividad y comparando registros. Confeccionar la estructura de archivos y sistemas de archivos de acuerdo a requerimientos previamente establecidos. Documentar los parámetros utilizados, los resultados obtenidos y en su caso las adaptaciones del sistema. Identificar los distintos tipos de memoria que componen el ordenador. Definir el concepto de microchip. Identificar las características de la memoria caché y los diferentes tipos de memoria que existen. Manejar programas informáticos necesarios para el procesamiento de la información de interés en biotecnología. Enumerar y describir los sistemas lógicos fundamentales para la búsqueda de datos en biología molecular y de las herramientas de navegación. Distinguir y realizar las acciones necesarias para reconocer y modificar anotaciones en lenguajes específicos. Explicar los componentes principales de un ordenador, sus periféricos y soportes lógicos sobre la base de su función y utilidad en biotecnología. Enumerar y describir los sistemas lógicos fundamentales para la búsqueda de datos en biología molecular y de las herramientas de navegación. Distinguir y realizar las acciones necesarias para reconocer y modificar anotaciones en lenguajes específicos. Relacionar operaciones con diferentes bases de datos, identificando su interoperatividad y comparando registros. Determinar los valores adecuados en la realización de la búsqueda, integrando las herramientas de soporte y los programas de representación gráfica adecuados, y realizando la misma de forma eficiente.

Requisitos

No es necesario cumplir con requisitos previos para realizar esta formación.

Temario completo de este curso

Capítulo 1. INTRODUCCIÓN
Capítulo 2. FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS
  • 2.1 Fisiología celular
  • 2.2 Morfología del cromosoma
  • 2.3 Ácidos nucleicos
  • 2.3.1 ADN
  • 2.3.2 ARN
  • 2.3.3 Código genético
  • 2.4 Dogma central de la Biología Molecular
  • 2.5 Regulación génica

Capítulo 3. FORMATOS DE FICHEROS
  • 3.1 Datos en bruto
  • 3.2 FASTA
  • 3.3 FASTAQ
  • 3.4 SAM/BAM
  • 3.5 GFF/GFF3
  • 3.6 GVF
  • 3.7 VCF
  • 3.8 BED

Capítulo 4. BASES DE DATOS GENÓMICAS
  • 4.1 ¿Qué es una base de datos genómica?
  • 4.2 Clasificación de las bases de datos genómicas
  • 4.3 Características de la información genómica
  • 4.4 Construcción de una base de datos genómica
  • 4.5 Modelado de información genómica
  • 4.6 Integración de bases de datos biológicas

Capítulo 5. PRÁCTICA 1: DISEÑO DE BASES DE DATOS BIOLÓGICAS
  • 5.1 Diseño relacional
  • 5.2 Diseño XML

Capítulo 6. PRINCIPALES BASES DE DATOS GENÓMICAS
  • 6.1 GenBank
  • 6.1.1 Formato del registro
  • 6.1.2 Cabecera
  • 6.1.3 Sección de características
  • 6.1.4 Sección ORIGIN
  • 6.2 Refseq
  • 6.3 UniProt
  • 6.4 PDB
  • 6.4.1 Formato del registro
  • 6.4.2 Tipos de registros
  • 6.4.3 Estructura del fichero
  • 6.5 Otras bases de datos genómicas
  • 6.5.1 Bases de datos de secuencias de ADN
  • 6.5.2 Bases de datos de secuencias de ARN
  • 6.5.3 Bases de datos de secuencias de proteínas
  • 6.5.4 Bases de datos de patrones y perfiles
  • 6.5.5 Bases de datos clínico-genéticas
  • 6.5.6 Bases de datos de mutaciones y SNP
  • 6.5.7 Bases de datos de genómica funcional

Capítulo 7. PRÁCTICA 2: BÚSQUEDA DE SECUENCIAS
  • 7.1 Secuencias de organismos procariotas
  • 7.2 Secuencias de organismos eucariotas
  • 7.3 Búsqueda de variaciones
  • 7.4 Ejemplo de estudio de una proteína

Capítulo 8. ANÁLISIS DE SECUENCIAS
  • 8.1 Detección de ORF
  • 8.2 Análisis de calidad
  • 8.3 Alineamiento
  • 8.3.1 Gráficos de puntos
  • 8.3.2 Alineamiento de pares
  • 8.3.3 Alineamiento múltiple
  • 8.3.4 Puntuación del alineamiento
  • 8.4 Identificación de variaciones
  • 8.5 Anotación
  • 8.6 Visualización
  • 8.7 Pipelines analíticos y sistemas de flujo de trabajo

Capítulo 9. PRÁCTICA 3: ANÁLISIS DE SECUENCIAS
  • 9.1 Análisis de la calidad con VecScreen
  • 9.2 Análisis de la composición del ADN
  • 9.2.1 Búsqueda de palabras
  • 9.2.2 Estadísticas de la secuencia con Genomatix
  • 9.2.3 Búsqueda de repeticiones
  • 9.2.4 Búsqueda de ORF
  • 9.3 Alineamiento de secuencias con BLASTN
  • 9.4 Edición de alineamientos
  • 9.4.1 Creación de grupos
  • 9.4.2 Reordenación del alineamiento
  • 9.4.3 Adición y borrado de huecos
  • 9.5 Búsqueda de secuencias homólogas con SIB-BLAST
  • 9.6 Alineamiento múltiple
  • 9.6.1 Alineamiento múltiple con Clustal Omega
  • 9.6.2 Alineamiento múltiple con MUSCLE
  • 9.6.3 Alineamiento múltiple con T-Coffee

Capítulo 10. PROTEÓMICA
  • 10.1 Generalidades
  • 10.2 Estructura de las proteínas
  • 10.3 Métodos de predicción
  • 10.4 Modelado por homología
  • 10.5 Reconocimiento de pliegues

Capítulo 11. PRÁCTICA 4: ANÁLISIS DE PROTEÍNAS
  • 11.1 Análisis BLAST
  • 11.2 Búsqueda de dominios funcionales
  • 11.2.1 Búsqueda de dominios con EBI-Interpro
  • 11.2.2 Búsqueda de dominios con PFAM
  • 11.3 Predicción de la ubicación subcelular
  • 11.4 Búsqueda de estructuras de referencia
  • 11.5 Búsqueda de motivos
  • 11.6 Análisis de la estructura primaria de una proteína
  • 11.6.1 Traducción del ADN en secuencia proteica
  • 11.6.2 Predicción de las propiedades físico-químicas
  • 11.7 Predicción de la estructura secundaria
  • 11.8 Predicción de la estructura terciaria
  • 11.9 Predicción de genes con GENSCAN
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